在高新技術(shù)企業(yè)登陸主板市場的同時，專門針對科技型企業(yè)設(shè)立的創(chuàng)業(yè)板也初見端倪。1999年，中小企業(yè)板市場深交所向證監(jiān)會呈交《深圳證券交易所關(guān)于進(jìn)行成長板市場的方案研究的立項報告》。

2000年，國務(wù)院批準(zhǔn)證監(jiān)會關(guān)于設(shè)立二板的請示后，將二板市場命名為創(chuàng)業(yè)板市場。2000年，中小企業(yè)板市場深交所成立創(chuàng)業(yè)板市場發(fā)展戰(zhàn)略委員會、國際專家委員會兩個委員會和八個職能部門，創(chuàng)業(yè)板市場組織架構(gòu)基本建立。2003年，黨的十六屆三中全會提出“規(guī)范和發(fā)展主板市場，中小企業(yè)板市場推進(jìn)風(fēng)險投資和創(chuàng)業(yè)板市場建設(shè)”。2004年，深交所正式推出中小企業(yè)板。中小企業(yè)板為那些暫時不符合主板上市要求的中小企業(yè)、科技型企業(yè)提供融資服務(wù)，也為風(fēng)險資本提供市場退出渠道。其中小企業(yè)板市場上市門檻雖然較后來創(chuàng)業(yè)板市場要高，中小企業(yè)板市場阻礙了一些小規(guī)模科技型企業(yè)參與其中，但仍然是科技型企業(yè)資本市場融資的有益探索，為后來創(chuàng)業(yè)板市場提供了豐富經(jīng)驗。